Proces uzdatniania wody jest kontrolowany w sposób ciągły poprzez pomiary on-line podstawowych parametrów wody takich jak: ilość tlenu po procesie napowietrzania, temperaturę, pH oraz poziom żelaza i manganu po procesie uzdatniania.

Na stacji uzdatniania zamontowany jest także system biomonitoringu – SYMBIO, który służy do ciągłej kontroli jakości wody uzdatnianej. W systemie wykorzystano małże słodkowodne – Skójkę zaostrzoną, których naturalną reakcją na nagłą, znaczną zmianę ogólnej toksyczności wody  jest  zamykanie muszli małża. Reakcja ta jest szybka i jednoznaczna –nie dostarcza ona co prawda informacji o tym, co i w jakich ilościach znajduje się w wodzie, ale nagłe zamknięcie muszli sygnalizuje zmianę warunków w środowisku – parametrów wody – rozpoznaną przez małże za szkodliwą i niebezpieczną.

Na końcu procesu uzdatniania zamontowana została lampa UV, która gwarantuje, że do mieszkańców Józefowa dostarczana jest woda bakteriologicznie bezpieczna.